Em 1999, o proprietário do edifício, a cidade de Praga, concluiu um acordo com a Fundação Jan e Meda Mladek sobre o arrendamento gratuito de longo prazo e a reconstrução do edifício. A reconstrução foi coberta pela cidade de Praga, enquanto a Fundação cuidava da coleção de arte que seria exibida ao público. A reconstrução dos moinhos de Sova foi contratada para o Studio 8000 e novas estruturas de vidro, projetadas por três artistas tchecos – Václav Cigler, Marian Karel e Dana Zámečníková – foram adicionadas (a passarela de vidro sobre o canal de navegação, o curso de água que atravessa o pátio e o pátio). cubo de vidro no topo da torre). O público pôde inspecionar os moinhos de Sova pela primeira vez em 26 de setembro de 2001, apesar de ter sido inaugurado oficialmente em 8 de setembro de 2003, após reparar os danos causados pelas inundações devastadoras no verão de 2002, quando a ilha de Kampa estava totalmente debaixo d’água. Uma maciça cadeira de madeira de Magdalena Jetelová foi colocada em uma toupeira no rio.
